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日本全國統一於江戶時代（1603年～1868年）時期，而國家制度的產生則是距離現在約1,300年前。將首都遷至現在的東京（過去稱之為江戶）不過是400年前的事，在那之前，關西的奈良、京都、滋賀皆有古都的存在。

最古老的首都可說是奈良。奈良時代前後約七十年，當時的中心平城宮至今仍保留在當地，仍可窺見當時作為古都的風景。爾後，大阪難波宮也曾為一時的首都，
遷都京都後，平安京因應而生。京都作為日本過去首都的歷史悠長，其影響深遠，至今京都仍保留著古都的風韻，並且發展出京都特有的文化，（諸如神佛寺院、傳統藝能以及飲食文化等產業皆保留完整至今。）京都人最明顯的特徵在於京都人本身對於自己故鄉感到驕傲，愛鄉情懷之深更是其他地區無以比擬的特色。

京都作為一國之都一直持續到室町時代為止。爾後，經由豐臣秀吉（安土城城主）以及織田信長（桃山城主）當政的安土桃山時代，在現今滋賀縣近江八幡市（安土城所在地）以及京都伏見（桃山城所在地）都曾經一段時期有城郭存在。而德川家康在關原之戰一統天下之後，江戶（現今的東京）成了至今的首都。